从1944年9月起，东南地区开始对乡政权彻底的改造，废除保甲制，建立新乡制，实行民主政治。为建设新民主主义政权，各区进行新乡制的试点工作。首先在海东区民本乡、海中区占先乡、吕西区吕复乡、富余区新河乡进行乡选，废保甲，设村组，建立三三制民主政权。1944年冬逐步推开，各区组织乡选工作队，发动群众，划分村组，建立选民小组，选举代表。村长由选民直接选举，然后全乡召开代表会议采用豆选方法，选举正副乡长及乡政委员，成立乡政委员会。至1945年7月，全县7个区113个乡中，民主选举的29个乡，人事调整的84个乡，建立乡政委员会55个，从根本上废除保甲制度。这是海启人民第一次行使民主权利，选出自己的乡政权。

县委在取得反“清乡”斗争胜利的形势下，对基层党组织和群众团体也重视做好整顿、巩固、提高的工作。在反“清乡”斗争中，干部、党员坚持原地斗争，大多数参加民兵，掌握武装，实行党员军事化。至1943年12月底，全县有40个支部得到改造，在此基础上，积极慎重地大量吸收和发展在斗争中涌现出来的积极分子入党。党员由反“清乡”前的770名发展到1945年6月的2768名。总支、支部发展到82个。在斗争中涌现出一批能带领群众坚持斗争的优秀党员。陈清、蒋拔、李若松等就是这些优秀党员的代表，受到苏中四地委，苏中军区领导机关的表扬。

在取得反据点斗争胜利之后，各区委普遍联系实际，学习整风文件，整顿思想作风。1944年12月，地委召开区委书记参加的扩大会议，以整风精神，总结反“清乡”斗争的经验教训，作出一面坚持斗争，一面准备反攻的部署。1945春节以后，各乡支部通过总结，普遍进行一次马列主义的思想教育，进一步整顿支部，并吸收一批积极分子入党。

1944年夏、秋季攻势以后，群众团体也有很大的发展。农抗会积极活动起来，中心区开展查减工作，边区开展“二五减租”斗争。截至1944年底，农抗会组织大发展，有92个乡建立农抗会。工抗会也有较大发展，全县18个乡建立工抗会。经过1944年秋收、1945年夏季“二五减租”和查减倒租运动，广大群众进一步被动员和组织起来，掀起参军和生产运动的热潮。妇抗会在斗争中亦有很大的发展。反“清乡”后，妇抗会通过织公布、做军鞋的生产活动，把妇女组织起来，到1945年8月，44个乡建有妇抗会组织，并涌现一大批妇女积极分子。许多革命的老妈妈在斗争中，掩护干部、战士，照料伤员，拥军支前，为革命作出贡献。

反“清乡”斗争开始以后，在日伪严密经济封锁的情况下，我东南根据地主要依靠广大群众的支持，征粮征税，保障供给，渡过难关。当时部队经济极度困难，完全靠人民来支持。反“清乡”斗争中，征粮工作从未中断，部队开到哪里，就到哪里领取粮草。秋季攻势以后，为扩大财源，准备反攻，各地组织护税缉私小组，配备乡村义务收税员，加强税收力量。税务干部由武工队、民兵配合，挺进沿江、沿海港口和交通要道口征税，还深入到敌据点内开展税收工作。许多商人自动报税、缴税。东南的大宗税源是渔税、盐税。据测，当时一季黄花鱼税可以解决一个师一年的给养。同时，军民开展大生产运动，各地普遍组织民兵伴工组，实行劳武结合，互助开荒；还组织民兵群众帮助烈军属代耕、代种；组织妇女纺纱织布、缝军衣、做军鞋，支援部队，增加收入，为准备反攻提供财力、物力保证。东南军民响应苏中生产建设大会的号召，开展排挤伪币的斗争。东南县委组织和发动群众自觉开展保粮运动，粉碎敌伪在春季发放30亿元无号码伪币用来掠夺粮棉的阴谋，胜利地保卫根据地的生产建设成果。

在反“清乡”斗争中，根据地的文教事业遭受了严重的破坏。东南中小学师生坚持反“清乡”游击教育，他们创造适合反“清乡”的各种游击教学的方式方法：或分散流动教学；或集中教学，分组辅导；或流动半日二部、分组教学，坚持抗日民主教育。1944年夏据点斗争以后，文教事业得到恢复与发展。中心区各乡设立乡校，加强在本乡范围内教育工作的统一领导，贯彻新民主主义教育方针，由游击教育逐步转变为以集中上课为主的正常教育。新收复区的学校，也陆续复课。广大教师除了坚持学校教育外，还举办群众业余夜校。各地组织教师、社会知识青年，成立文娱工作队，协助组织开展群众性文娱活动，编排小节目，巡回演出，农村文娱生活搞得非常话跃。

反“清乡”斗争前，县委创办《东南报》。原《江海报》编辑马力担任主编。此后又办了《东南画报》。在极端艰苦的斗争环境中，《东南报》社的同志克服重重困难，一面打游击，一面坚持办报纸。《东南报》曾铅印过一期，后因环境紧张，改为油印。日军投降后，《东南报》改刊为《海启大众》。此外，这一时期还有启西区李若松主编的《自卫报》，吕四区江行主编、鲍志椿题书的《觉醒》等报刊。