在国际反法西斯战争和中国抗日战争节节胜利的形势下，日本帝国主义为了挽救其失败的命运，企图在占领区由点线的占领，扩大到面的控制，特别是强化南京、上海一线的防守，全力控制大江两侧为战略要地。为此，继江南“清乡”后，1942年12月1目，汪伪清乡委员会发出《民国三十二年度上半年清乡工作训令》，把南通附近地区划为苏北地区第一期“清乡”区，作为对苏中以至整个华中抗日根据地进行“清乡”的起点，并限令于4月1日起对苏北开始“清乡”。1943年4月8日，汪伪清乡委员会秘书长李士群与日军签订《苏北第一期地区清乡工作实施之协定》，决定于4月10日对南通地区开始“清乡”，9月底以前完成。日伪综合研究了国民党十年反共内战、日军华北三年治安强化和江南“清乡”的反动经验，采取所谓“三分军事，七分政治”的总方针，实行军事、政治、经济、文化、特务的总体战，以实现“清乡”阴谋。

3月底4月初，日军从江南调来六十一师团菊池联队4个大队3200余人，接替南浦旅团五十二大队和旦马小队的“防务”。其中两个大队分驻于三厂和汇龙镇，一个大队流动驻防于四甲坝。伪32师被改编为通如海启四个特区保安大队，海启各驻一个大队。启东保安大队于4月9日开抵汇龙镇，南通保安大队一个中队驻吕四。伪34师两个团约2000人于4日从石庄、岔河等地调来海启，该师“清乡”指挥部驻汇龙镇，133团团部驻惠安镇，134团团部驻三厂。6月，海启又各进驻一个“清乡”警察大队。至此，东南地区日伪军兵力从原近千人激增至6000人左右。

4月2日，伪启东特区公署成立，汤同书粉墨登台担任署长。5月，伪启东特区一、二、三、四、五区和海门特区七、八区以及南通特区十二区公所成立，并相继建立特务、警察、政工团以及用于强化保甲制度和强化封锁线的“清乡”机构，其骨干大多受过专门训练。各区每三乡或四乡成立一办事处，设主任一人；各乡设乡长一人，多是社会渣滓充任，妄图对东南敌后根据地进行伪化控制。

1943年1月，海门中心县委召开扩大会议，部署准备开展反“清乡”斗争。各区乡在“三冬”运动后期，结合进行反“清乡”动员。3月中下旬，县委再次召开扩大会议，根据华中局、苏中区党委和四地委提出的必须坚持原地斗争的总方针，作出关于海启地区反“清乡”斗争的方针与当前紧急任务的决议，明确提出以武装斗争为主，一切从积极斗争出发，全力开展游击战争，掀起群众性的斗争高潮，准备应付各种复杂情况的斗争，运用多种多样的方式，粉碎敌人的“清乡”阴谋，达到胜利坚持原地斗争的目的。

县各区通过召开支委会、反“清乡”委员会，乡政扩大会，农抗会、士绅会、保民会等各种会议形式，紧急进行反“清乡”的全党全民总动员。3月29日～4月5日，开展反“清乡”动员周活动，使群众动员工作得列普遍深入的发展。半个月中，全县有59个乡召开群众大会，开展反“清乡”大同盟宣传活动，许多乡的民兵，农抗会员运用民间习惯，吃齐心酒，订结盟书，刺血盖指印，纷纷宣誓：“团结一致，坚挣原地，决不出卖同志，决不投降敌人！”

东南行署分区召开教育界、开明士绅座谈会，进行反“清乡”的宣传动员和坚持民族气节的教育。东南行署和各区行政领导普遍对士绅，地主和上层分子登门访问，联络情谊，并发动各乡农抗会员、民兵向他们提供情报，帮助他们疏散人口，转移物资，团结他们一起参加反“清乡”斗争。

在进行全民思想总动员的同时，建立健全各级人民武装的组织机构，群众性的战备活动也普遍开展。各区工作基础较好的乡召开民兵入队宣誓大会。各地以民兵为骨干发动群众，改造地形，拆桥破路，筑暗桥、暗坝，还进行群众游击战的实战演习。至4月8日，全县投入破击战的民兵、群众万余人，平毁据点6个、碉堡21座。海东区五堤、新民、耕南、博仁、富荫、均里、建固乡和吕四一堤、合堤、石堤乡，坚决执行东南行署指示，抢在敌人占领海复镇之前，把保存的几百万斤公粮全部抢运至七门闸出口运往弶港。东南行署公安局于1942年12月建立政治保卫队(亦称行动队)。之后，各区亦相继建立短枪组，各乡以党员民兵为主，建立锄奸小组，配合行动队，打击“清乡”特工，监视汉奸行动。

东南地区党政机关和部队全面实行精兵简政，加强党政军一元化领导。1月前后，四地委派地委委员洪泽任海启县委书记，兼东南警卫团政委；顾尔钥任东南行署主任；王澄任东南警卫团团长；鲍志椿任副政委后兼政治处主任。东南人民抗日自卫总队部与东南警卫团合并。县党政军这一套班子，是一个领导东南军民反“清乡”斗争的坚强核心。县委将全县原18个小区先后合并为海中、海东、启西、吕四、富余、启东、海南等7个大区。东南警卫团原有3个营9个连，600多人上升为分区主力，其余经过精简，剩下600多人，编为4个连，直属团部领导。

县委还作好从最坏处打算，向最好处努力的两手准备。1943年1月前后，把党组织划分为甲、乙两种组织。徐智任县乙种组织(秘密组织)特派员，各区设特派员。各区乡在甲种组织(公开组织)中，建立灰色组织，即把一部分政治面目不红的党员，划入灰色组织(秘密组织)隐蔽下来，单线联系，保存力量。同时，建立秘密交通网，以对付万一不能公开坚持斗争时，则由乙种组织和秘密交通网坚持秘密斗争。