苏北、苏中根据地的建立，对日伪政权势力是一个严重威胁。1941年8月13日，日伪军对苏中大“扫荡”。在海启，日伪军先后占领三阳、久隆、二厂一线，部分地区被分割，形势开始紧张。为粉碎日伪军“扫荡”， 9月，海启两县行政组织合并，建立海东行署。两县武装也合并，成立海启警卫团，顾尔钥兼团长，罗桂华任政委。建立海启军政党委员会，由顾尔钥任书记，罗桂华、朱溪东(县委书记)任委员，协调党政军工作，加强对反“扫荡”斗争的领导。为了开展群众性的自卫武装运动，成立海启人民抗日自卫总队，海东行署主任顾尔钥兼总队长，许诚任副总队长。

各区建立区大队部，各乡建立乡中队部。从这时起，区有一个脱产的中队，乡有一个脱产小队的武装。还普遍地组织不脱产的自卫队，在要道路口盘查放哨，查夜巡逻，配合部队侦察敌情，在反“扫荡”中发挥了重要作用。据不完全统计，到1942年2月，海启不脱产的自卫队员有17288名，脱产的自卫队员有400多名，初步形成主力武装、地方武装、群众自卫组织三结合的人民武装体制，取得反“扫荡”斗争一个又一个胜利。

1941年秋，胡鹏的伪东南人民反共救国军某团徐宝富部占领久隆镇，对海启抗日根据地的威胁很大。1942年1月1日，三旅主力一部在拔除三阳伪军据点后，另一部出陶勇旅长率领围攻久隆镇伪军据点。在强大的军政攻势下，徐宝富不得不同意谈判，率300余名官兵无条件投降。2月28日，3月2日，日伪两次“扫荡”均被海启军民粉碎。4月，日伪再度调集兵力侵占悦来镇，复占三阳、二厂、久隆一线，企图打通海启公路。为粉碎日伪的阴谋，l0日，三旅七团和海启警卫团向悦来镇的伪三十二师徐承德部发起猛烈攻击，激战一天两夜，徐承德被打死，残部逃窜，悦来镇收复。5月19日，三旅七团反击侵占三阳镇之敌，激战一夜，毙伤日军30余人，伪军40余人。此后，日伪军在三阳镇继续增兵，强拉民夫，拆毁民房，修筑三阳至久隆公路，企图进而打通海启交通线。敌人白天筑路，干部、群众夜里破路，反复较量，使敌之企图难以得逞。

为支援海启人民的反“扫荡”斗争，三旅七团在海启警卫团、区队、当地干部和群众的协助下，在三阳镇以东斜桥，伏击筑路敌人。6月3日晨，三阳镇日军70余人，伪军130多人，在警备队长新野率领下，强迫民夫修筑三(阳)久(隆)公路。9时许，敌人进入我七团伏击阵地，经过1小时激战，七团全歼该敌，生俘日军3人，缴获九二式步兵炮1门和其他大量装备。这场战斗，是海启地区反“扫荡”斗争中对敌人一次最沉重的打击。日军独立第十二旅团长南浦在乞求新四军归还其步兵炮的信中承认：“贵军三阳伏击，可谓英勇神速，殊堪钦佩。”

在斜桥伏击战的同时，粟裕师长布置师部特务营、海启警卫团一部配合一师主力一部围攻汇龙镇日军，缴获一批物资。又奇袭吴仓港伪军范巧林部，歼敌200余人，缴获电台一部及大批武器、物资。斜桥伏击战、奇袭吴仓港的成功，标志着海启军民具有强大的战斗力，反“扫荡”斗争取得决定性胜利。

日伪军“扫荡”失败后，则又对我苏中区进行第一次大“清剿”。 1942年4月，日伪建立苏北行营，以统一苏北的伪政权，并改编“和平军”，建立正规的伪军，在泰州、如皋等地开设训练班，培训“清剿”军政人员。同时派遣军舰，在启海一带的海面与江面巡逻，并从九门闸至青龙港、四甲坝至吕四进行外线封锁。5月，日伪重占悦来、三阳一线，以军事“扫荡”作掩护，修筑通启公路。6月9日开始，日伪从泰州等各据点调遣兵力集中于茅镇，四甲坝、掘港三大据点，作为“清剿”海启的军事基点。南通特务机关与宪兵亦随军出发，他们在政治上，大肆进行欺骗宣传，造谣惑众。在经济上，则以搜索新四军为名，大肆抢掠，1942年6月，日伪军在一个小小的二效镇仅停留3小时，就劫掠50万元以上财物。在军事上，他们实行严密封锁，进行反复“清剿”。

但是，海启地区军民并没有被日伪来势凶猛的“清剿”所吓倒。他们在取得反“扫荡”斗争胜利的基础上，群策群力，开展声势浩大的反“清剿”斗争。6月12日，日伪军开始对四分区“清剿”，三阳、汇龙的敌人同时出动，三阳的日伪军占领吕四，加紧修筑通吕公路，汇龙的日伪军占领久隆，打通海启公路，构成南北两条平行的封锁线，企图寻歼一师主力和地方武装。16日，吕四、久隆之敌，兵分三路合击新四军一师师部驻地海复镇，却一无所获。而一师师部则以神速的动作，早已突破日伪的封锁线，向通中地区顺利转移。

6月20日，苏中区党委、一师，苏中军区联合发出《关于反清剿的指示》。海启军民在全苏中人民的大力支持和配合下进行顽强的斗争。首先广泛开展群众性的破击运动，给敌人的军事行动造成很大的困难。吕复乡党支部组织党员和群众连续破吕久公路并拆毁牛桥，中断敌人的交通线。据海启、通东不完全统计，前后共动员2万多群众，较大规模的破路有70余次约480多里，开坝30多次，拆桥35次，割电线28次计600多斤，有力地打乱日伪的“清剿”部署。

同时，各区乡普遍组织锄奸小组，开展锄奸斗争。据不完全统计，海启、通东9个区52个乡，477人组成了110个锄奸小组，镇压罪大恶极的敌探、汉奸154人，争取、教育、释放213人。这时，部队也组织短枪队，打进据点锄奸，击毙久隆镇维持会秘书和吕四镇伪地方事业复兴委员会会长成纯一，这件事对伪军政人员的震动很大，部分投敌的乡保长纷纷向抗日民主政府自首悔过，基本上制止了伪化的发展。

在主力部队转移后，海启的地方武装仍在坚持斗争，寻机打击敌人。海八区队配合警卫团，在砖屑坝消灭从吕四出来修路的一个排伪军。启二区队在久隆至汇龙镇公路上，经常打击敌人。海五区队在一次战斗中，从敌人手中夺回一批粮食等物资。民众积极配合地方武装开展反“清剿”斗争。南阳村一对夫妇连游6条河，到我部队驻地送情报，使部队及时转移，避免了敌人5路合击。8月21日至23日，海启警卫团和八团一部攻克江边重镇灵甸港，歼灭伪军128团3营70余人，生俘50余人，缴获轻机枪4挺，长短枪70多支。接着，又乘胜攻克南阳村、武陵村伪军据点。至此，海启反“清剿”斗争取得胜利。

经过反“扫荡”、反“清剿”斗争，县区武装得到锻炼、发展和壮大，各区都有一个百人左右的连队。入秋，海启建立三个独立营，10月底，成立东南警卫团，全团1500多人。