抗战开始后，中共江苏省委派茅珵重回南通，以通崇海启抗日指挥部政训室主任身份进行活动。1938年8月，中共江北特委成立，在通如海启开辟工作。1939年春，中共江北特委委员洪泽到海启地区，以国民党苏北抗战支队政工队的名义进行军队和地方工作。该政工队实际上是我党的地下工作队。抗战支队二总队由队长梁灵光等负责。同时中共江北特委还先后派赵一平、贾鸿钧等地下党员到一大队开展工作。他们在战斗中物色进步对象，在部队宣传党的抗日主张。这个部队以纪律严明、爱护百姓受到当地群众的称赞。

1939年10月25日，苏北抗战支队副支队长、海门县县长郑枢俊勾结张翼的保安旅，制造了凤凰桥事件：向一大队突然袭击，缴了武器，遣散人员。战士们大部回到启东。贾鸿钧等地下党员则暂时隐蔽起来，等待时机。年底，二大队部分人员组成通海独立大队，随后挺进敌占区，袭扰敌伪军和打击土匪。1940年初，通海独立大队与陈伟达率领的新集结的二大队合并，开赴(南)通西抗日前线。

这期间，洪泽还通过政治教育工作，把在海启地区活动的国民党江苏省常备八团引领到我党的抗日旗帜下。抗战支队政工队的主要任务，是在地方上开辟工作，首先为在地方上建党建政创造必要的条件。从1939年春节到4、5月，政工队先是集中力量巡回宣传。他们先后到达三阳、久隆、海复等镇，召开群众大会作抗日动员，扩大其政治影响。接着，政工队到达汇龙镇。这里的地下党员，国民党启东县政府科长顾民元便即通过县长董国桢邀请他们在汇龙镇上活动。洪泽等人一方面开展上层统战活动，与启东县国民党县党部的张侠风、沈轶公、姚志仁、赵宝钰等进步人士建立联系；另一方面，政工队多次举行由汇龙镇的中学师生、小学教师、市镇青年、商民参加的联欢会，唱抗日救亡歌曲，演抗日话剧，启发教育群众。与此同时，他们在启东中学举办为期一周的春假修学团。政工队在汇龙镇虽然只活动了一个多月，但影响深远。启东中学的春假修学团结束时，在洪泽的引导和进步力量的支持下，以春假修学团的学生为骨干，建立启东中学青年工作队。新四军东进以后，他们中的一部分人上了我党开办的抗日军政大学，一部分人直接参加了革命工作。

抗战支队政工队的第二阶段工作是从1939年5、6月到10月，着手把村镇和学校的工作基点建立起来。他们分成三个民运组和一个宣传组开展工作。各个民运组在驻地周围的农民、店员、学生和中小学教员中广泛开展工作。这期间，洪泽到吕四、海复等地，同社会知识青年章品镇、彭迪颖、马力等交朋友，与他们建立经常的联系，后来他们都先后参加革命。当时政工队除了在启东开辟工作之外，还派人到海门一带去开辟工作。1939年秋，政工队的马世和等人，到曹家镇的私立海门中学高中部活动。通过抗日演讲和联欢方式，进行抗日救亡宣传。

凤凰桥事件后，抗战支队政工队有计划、有秩序地撤出海启地区，同时留下一部分人坚持原地工作，马世和等人则在永平乡加紧教育培养积极分子，进行建党工作。早在1939年下半年，洪泽在政工队内部发展了陆恂如等入党外，还在地方上先后吸收李质信、蔡力平等七、八人为地下党员。1940年初，在最后一批政工队员撤离启海前夕，特地帮助留下几名党员在永平乡建立抗战爆发后启海的第一个党支部，领导启海的地下工作。在1940年1月建支至11月新四军东进的这段时间里，这个支部在永平乡、聚星镇、南星镇、海复镇等地做农民、妇女、小学教师工作，同时开展通师侨校、战地中学的学生工作，更进一步培养积极分子，物色建党对象。为了掩护党组织的活动，支部决定陆恂如和李质信在上和合镇开“福泰昌”南货店，作为党的秘密机关。还在海复镇办了“海星书店”。开展青年工作，传播进步文化。

抗战爆发后，驻在上海的中共中央地下机构为掌握日伪顽的动态，搜集情报，决定成立“华东人民武装抗日委员会”(简称“武抗”)。最早受“武抗”派遣到启东活动的是季方，他多次到在启东东南沿海活动的陆洲舫部队工作，为以后争取陆洲舫部起义打下了基础。

其次是启东人沈维岳，早年入黄埔军校学习。1938年5月，他同施方白辗转到延安，受到毛泽东的三次亲切接见，临别时，毛泽东给他们题词：“中国目前阶段一定要完成民族民主革命，即彻底战胜日寇与建立新的民主共和国。中国将来阶段一定要完成社会主义革命，即实施更进步的、更完满的社会主义共和国。完成这两个革命都要坚持统一战线政策。只有好好团结一切革命势力于统一战线里面，才能达到目的。”并指示他们，回到家乡去，组织群众，发动群众，组织游击队，在敌后坚持抗日战争。沈维岳遂于1938年底到受“武抗”派遣回到启东，成立启东人民抗日自卫总队。

从1938年底到1940年新四军东进前夕，“武抗”多次派党员到启东活动。1938年12月初，“武抗”派党员李善(刘志远)到通崇海启抗日指挥部一支队三大队开展工作。l939年3月，“武抗”又派党员陈华(杨进)到启东，开展苏北地区敌伪顽的情报工作，发展在共产党影响下的抗日武装。5月，陈华建立华东武抗南通分会启东支会，沈维岳、顾民元、沈轶公等人参加“武抗”组织。1940年，“武抗”又派李善到启东，从事情报工作。黄桥决战前夕，李善奉命宣布解散武抗南通分会启东支会。黄桥决战后，他与沈维岳将情报和情报关系送到海安新四军苏北指挥部，“武抗”在启东的活动遂告结束。

抗战初期，以江北特委为主体的中共地下组织，在启海早期党组织停止活动四年后，来启海重新开辟工作，具有重要的历史意义：传播了中国共产党的抗日主张，播下了革命的种子，重建了党的基层组织，在群众中扩大了党的影响，为新四军的胜利东进，建立抗日根据地，为结束启东纷乱的局面，形成统一的有领导的抗日斗争之坚强实力，创造了条件，打下了基础。