顾民元正式接任启东县抗日民主政府县长职务后，宣布启东县抗日民主政府成立，并发布公告，郑重宣布施政方针：“坚持抗战国策”，“反对投降分裂”，“坚持抗战到底”……在接管启东县政权，建立抗日民主政府的这段日子里，顾民元日夜操劳，广泛活动，为我党在启东的抗日政权建设作出了开拓性的贡献。

1941年1月29日，顾民元奉命去掘港开会，路上遭遇俞福基匪部劫持，顾民元在被羁押期间想起了母校通中，想起了顾贶予老师解释李白诗《日出人行》的那堂课，顾老师的话似乎还在耳畔：“一个人，作为万物之灵，要使自身的浩然之气和大自然的元气融为一体，才不枉为人生一世，才算做了一次真正的人……”于是他通融了看守人，要来了纸和笔，写下了“莫为江流悲永逝，天光常照浪之花”的诗句，他把自己看成是一朵浪花，“我是不寂寞的。雾，是会被和风拂开，被朝阳驱散的。”他相信革命一定能成功，共产主义的朝阳一定能够驱散旧世界的迷雾，以此安慰自己的同志、战友和亲人。后因与新四军组织联系不上，在新四军追剿俞福基匪部时，顾民元被我方误杀。后来清理战场时，从俘虏口中，才获知顾民元牺牲的消息。新四军军部十分震惊，4月2日，苏中四分区党政军机关在掘港召开追悼大会，追认顾民元为烈士。