1938年8月，中共江苏省委根据中央的指示精神，成立了江北特区委员会，到南通一带开辟抗日救亡工作。同年年底，顾民元所在的特务总队因国民党内部派系斗争，被国民党江苏省主席韩德勤派兵缴了械，大批进步人士转入国民党江苏省民众抗日自卫队独立第一支队（简称“抗战支队”），顾民元在国民党如皋县政府动员委员会任秘书。

1939年2月，抗日进步人士、国民党启东县县长董国桢邀请顾民元到启东任县政府第一科科长，同时负责启东动员委员会的工作。3月，党领导的“华东人民武装抗日委员会”（简称“武抗”）总会(驻上海)派杨进来启东开展南通地区的“武抗”工作，顾民元和杨进、沈维岳组成了南通地区“武抗”领导核心。

顾民元担任科长期间，为动员团结启东各界人士开展抗日救亡活动，做了大量工作。当时中共江北特委委员洪泽率领的抗战支队政工二队，到启海地区活动，在顾民元的支持下，创办春假修学团，组织学生自治会，举办农民夜校，播撒革命种子，扩大党的影响，把启东汇龙地区的抗日救亡运动推向了高潮，为后来在这一地区建立党的组织创造了条件。

1940年10月，新四军取得了黄桥决战的胜利，打开了苏北抗日的新局面。顾民元以极大的爱国热忱欢迎新四军的胜利到来。他出席了在海安召开的苏北临时参政会，聆听了刘少奇、陈毅等同志的重要讲话。11月初，新四军三纵进入通如海启，著名爱国人士季方接受陈毅的建议，以国民党战地党政指导委员会指导员的身份，召集通如海启各阶层代表在掘港开会，共商抗日大计。在会上，顾民元被委任为启东县抗日民主政府第一任县长。