汉朝以前，这里还是江口海域；清代中叶前，长江口崇明北侧陆续涨出小沙洲，至清末连成一片。因成陆参差，因而曾分属三个县管辖。北部吕四地区，宋、元、明、清时属海门，1912~1942年间属南通县；中部原属海门县；南部属崇明，称外沙。

1912年，有人提议把南通、海门两县东部并入崇明外沙称“三合县”，分县未成，县名无用。江苏巡抚程德全提议，把江南已坍入江的镇洋县移作外沙新县名，结果未作县名，留下了“镇洋”市一个地名。1927年3月底至4月中旬间，地方人士赶走反动的行政委员陈时泌，自发成立了一个“江海县”。在正式设县前，曾提议过“外沙县”、“北新县”（此两个县名均站在崇明角度所提），还有“汇龙县”。1928年1月27日，江苏省民政厅厅长茅祖权向省府委员会议提请外沙分县案后决议：“崇明外沙应即设县分治，定名‘启东’。因本县位于江北大陆最东端，且沙洲还在向东接涨，乃有“启吾东疆”之含义。1989年11月，启东撤县建市。